Som så mange tegneserieskabere fra Burns’ generation er han inspireret af de amerikanske satiretegneserieblad ”MAD Magazine” (1952-2004), som han læste i samlede sort/hvide reproduktioner: ”Min far havde genoptryk af Harvey Kurtzmans MAD-tegneserie. De var små Ballantine paperbacks; Oprindeligt var de i farver, men de her var i sort og hvid.” (Sam Adams: Interview: Charles Burns. A.V. Club, 2010-11-18).
Burns begyndte at tegne i sort/hvid, og efterligne stilen fra MAD. Han var også glad for romantiske tegneserier, som blev spyttet ud i 60’erne: ”Sidst i 70’erne købte jeg stakkevis af romantiske tegneserier fra 60’erne til min kæreste. På en måde var det for sjov, men vi nød dem faktisk begge to.” (Chris Randle: It’s not like, here’s Anti-Tintin: An Interview with Charles Burns. Randomhouse, 2012-11-29).
Det romantiske inkorporerer Burns både eksplicit i ”The Hive”, hvor Doug og hans kæreste Sarah læser de samme romantiske 60’er-tegneserier som Burns selv gjorde, og implicit i sit valg af tema, der ofte har det romantiske som omdrejningspunkt.
Burns er også inspireret af William S. Burroughs syrede beat-bøger fra 1950’erne og 60’erne. Især ”Naked Lunch” fra 1959, hvis drømmeverden ”The Interzone”, placeret i et alternativt, marokkansk Tanger, er en direkte inspiration for paralleluniverset i ”X’et ud”, der også har tydelige marokkanske træk. Tegneseriemæssigt var det Robert Crumbs tegneserier og hans blad ”Weirdo” (1981-1983), der især gjorde det legitimt at skildre det underlige og det perverse, uden nødvendigvis at blive stemplet som pervers.
De underlige væsener, der optræder i Burns værker, som f.eks. sushivæsenerne eller de andre mystiske skabninger fra ”The Hive”, er inspireret af den ordløse tegneserietegner Jim Woodrings værker. Woodring er ligeledes fascineret af at udtrykke noget underbevidst ved hjælp af symboler og associationer.
Charles Burns er gode venner med en anden stor amerikansk tegneserieskaber, Daniel Clowes, og de to har da også mange tematiske ligheder. Især er lighederne tydelige i Clowes’ tidligere værker, som ”Like a Velvet Glove Cast in Iron” fra 1993, hvor der også optræder mærkelige væsener, og som handler om feticher og seksualitet.