Cecilie Eken spænder vidt i sit forfatterskab, både når det drejer sig om genre og om modtagergruppe. I billedbøgerne ”Vingekatten” (2000) og ”Mørkebarnet” (2007) henvender hun sig til de yngste læsere, mens hun i fortællingerne om ”Karanagalaksen” (2018) og ”Den Sorte Safir” (2008-2009) henvender sig til den unge læser.
Fælles for Cecilie Ekens fortællinger er eventyret og det fantastiske. Selv siger hun om dette: ”Normalt har jeg svært ved at holde mig fra det fantastiske, og det skyldes nok, at jeg på den måde bedst kan sætte ord på nogle store ting, som vi alle skal forholde os til i livet: godt og ondt, kærligheden, døden, frygt og mod og den slags … For mig bliver det lettere at tale om, når jeg ikke er tvunget til at skrive helt realistisk, men kan liste mig ind på de store emner ad en mere eventyrlig vej. Og så synes jeg også, det er supersjovt at få lov til at bruge min fantasi og lade en drage lande midt i det hele, hvis det er det historien lige kalder på!” (Cecilie Eken: Spørgsmål & svar. Cecilieeken.dk).
Den eventyrlige ramme placerer handlingen i en tidsløs verden, hvor fortid og nutid væves sammen. Et eksempel på dette er Saga Sølvisdatters univers i ”Karanagalaksen”-serien. På en og samme tid males der for læserens indre blik billeder af vikinger og skindklædte krigere, men også af avanceret teknologi, der kan bruges til at scanne, spore og kommunikere.
Tematisk beskæftiger Cecilie Eken sig i mange af sine bøger med de forandringer, der opstår i et menneske i forbindelse med overgangen fra barn til voksen.
Hovedpersonerne bliver som f.eks. Saga og Aramiel kastet hovedkulds ind i en opgave, som de endnu ikke er helt klar til at løse. Historierne handler derfor om at blive klogere på sig selv, at vokse med opgaven og turde overvinde frygten i konkrete situationer.