Søren Jessens forfatterskab rækker, både hvad angår målgrupper, tematikker og genrer, uhyre bredt. Han har skrevet socialrealistiske fortællinger som ”Vildnisset” men også fantasyromaner som ”Smerteherren” og fjollede fortællinger til de mindste som i serien om ”Smørhullet”. Endelig har han også skrevet mange historier, hvor virkeligheden blandes med det fantastiske og overnaturlige. Dette sker f.eks. i ungdomsromanerne ”Den hule pige” eller ”Den skæve dreng”, hvor hovedpersonerne begge oplever, at deres kroppe opfører sig fantastisk i en ellers realistisk kontekst.
Jessen bruger ofte de fantastiske elementer som en slags metaforer, der sætter konkrete billeder på virkelighedens mere uhåndgribelige og komplicerede sider. Også i ”Vildnisset”, der ellers er en realistisk roman, bruger Jessen elementer af det fantastiske i form af jeg-fortællerens drømmeverden, som fletter sig ind i hans virkelighed, til at forklare, hvad der foregår inden i ham. Legen og spændingen mellem fantasi og virkelighed, fantastik og realisme er med andre ord gennemgående i forfatterskabet.
Jessens forfatterskab trækker desuden ofte direkte på hans egen historie. Dette sker blandt andet i ”Vildnisset”, hvor Jens’ historie om flytningen fra Sønderborg til Herning og Frisko faderen har mange ligheder med Søren Jessens egen og i ”Wolf – Ulvemandens bekendelser”, der bygger på hans egen morfars historie.
Både i sine børne- og voksenudgivelser er Jessen i nærkontakt med barnets skæve og finurlige oplevelse af verden – dets naivitet og fantasi. Det er for eksempel den, der gør det muligt at forvandle en alkoholisk far til en helt (”Vildnisset”), den der gør en helt almindelig morfar til en ulv (”Wolf – Ulvemandens fortællinger”), og den der kan tro på, at der findes væsener på andre planeter (”Den store månefest”).
Et andet tilbagevendende tema hos Søren Jessen er den tidlige ungdom og kampen for at forstå og blive forstået af verden samt den ofte medfølgende følelse af at være forkert eller anderledes i forhold til normen. Pointen er ofte som i f.eks. ”Den skæve dreng” eller ”Den blå pige”, at det, der gør folk anderledes og måske ligefrem mærkelige, hverken skal eller kan pilles ud af dem. Faktisk er det mærkelige som regel en positiv ting i Jessens univers. Dette ses for eksempel i ”SMAK” med skohandlerens søde fod-fetich og i ”Wolf – Ulvemandens fortællinger”, hvor både jeg-fortællerens morfar og hans fortællinger netop hyldes og elskes af fortælleren på grund af alt det skæve, fantastiske og lidt uhyggelige.
Som illustrator spænder Søren Jessen også vidt. Fra de simple tegninger uden alt for mange detaljer i ”Dino”-serien over en mere ekspressiv og surreel stil til de poetiske og drømmende tableauer i ”Fiskepigen”.