Karen Fastrup er født den 8. juli 1967 på Askov Højskole, hvor hendes far, som var cand.mag. i musik og nordisk filologi, var ansat som lærer. Da Karen Fastrup var godt 1 år, døde hendes bror, og det satte dybe ar i familien. I 1972 tog faderen – sammen med en gruppe tidligere kolleger – initiativ til at bygge Kolding Højskole. Imens faderen havde fuld fart på højskoleprojektet, uddannede Karen Fastrups mor sig til pædagog og blev leder af en børnehave.
Familien flyttede aldrig ind i den nybyggede højskole, men overtog i stedet en nedlagt gård i nærheden af Kolding. Her boede Karen Fastrup fra hun var otte år sammen med sine forældre, en søster og bror til hun blev student fra Kolding Gymnasium i 1986.
Efter afsluttet studentereksamen drog Karen Fastrup til København, og i 1988 begyndte hun at læse litteraturvidenskab på Københavns Universitet. I 1991 fik hun sin første søn, Malte. Fra 1997 til 1998 gik hun kortvarigt på Forfatterskolen, til hun fødte barn nummer to, datteren Selma. To år senere satte Fastrup så sin første roman “Brønden” i verden, som fulgtes af børnebogen “Kampen om Syrakus” et par år efter. Børnebogen skrev hun sammen med sin daværende mand, digteren Niels Lyngsø. I 2003 udkom romanen “Mine syvogtyve sansers elskede”, og seneste skud på bogstammen er romanen “Hungerhjerte” fra 2018. Ved siden af hendes egne skriverier arbejder Fastrup som oversætter af romaner og faglitteratur fra engelsk, norsk og svensk.
Fra 2012-14 boede Karen Fastrup i Tanzania, men i dag bor hun på Frederiksberg.